El Gobierno apartó de la causa por el Memorándum de Entendimiento con Irán al juez de la Cámara Federal de Casación Penal Juan Carlos Gemignani, quien ya se había pronunciado por la inconstitucionalidad del acuerdo que firmó la gestión de Cristina Fernández de Kirchner con el anterior régimen de Teherán. Esta maniobra apunta a que, a través de conjueces afines, se declare constitucional el pacto con Irán. La remoción generó las críticas de la dirigencia judía y de la oposición.


Fuentes judiciales informaron a DyN que los conjueces Roberto Boico y Norberto Frontini admitieron un planteo del Gobierno contra Gemignani, y la jueza Angela Ledesma votó en disidencia. Así, el expediente por el memorándum, empantanado en Casación, quedó por ahora con un solo juez, la presidenta de Casación, Ana María Figueroa, con la incertidumbre sobre quiénes la acompañarán para resolver si el pacto es constitucional
Los magistrados originales para el caso eran Figueroa, Gemignani y Luis María Cabral, quienes el 22 de junio citaron a la AMIA y a la DAIA para dar a conocer su fallo, pero ese día los votos no estaban. Solo Gemignani había presentado su decisión por la inconstitucionalidad del memorándum y el tribunal fijó como nueva fecha de fallo el 30 de junio.


Pero el 25 de junio la mayoría kirchnerista del Consejo de la Magistratura apartó a Cabral de Casación y nombró a tres conjueces, Marcelo Vázquez, Frontini y Boico, de una lista de abogados elaborada por el Gobierno en base a la nueva ley de subrogancias, tildada de inconstitucional por tres juezas de primera instancia y sobre lo que debe resolver la Corte.


Cabral fue reemplazado por Vázquez, pero este último también debió irse de Casación porque la Justicia en lo Contencioso Administrativo Federal lo apartó por su designación presuntamente violatoria de la Constitución Nacional.


El fallo contra Vázquez generó una fuerte disputa interna y Gemignani denunció penalmente al conjuez y a Figueroa por demorar la resolución judicial que ordenaba el apartamiento. El Gobierno recusó a Gemignani para seguir interviniendo en la causa por entender que la denuncia penal que hizo significaba una "pérdida absoluta de parcialidad".


La recusación debía ser tratada por Vázquez y por Figueroa, que se excusó de intervenir por la denuncia en su contra, por lo que salieron sorteados para actuar Frontini y Boico. Estos últimos, cercanos al Gobierno, aceptaron la excusación de Figueroa porque hay "supuesto de violencia moral que justifica su apartamiento", y desplazaron a Gemignani por presunta falta de "imparcialidad de actuación del juez".


La AMIA expresó su "desazón" por la remoción del juez y para el secretario general de la DAIA, Jorge Knovlobits, fue un "horror judicial". A su vez, la diputada del PRO, Laura Alonso, apuntó duro contra el kirchnerismo y señaló que "es la decisión judicial más inconstitucional que se haya visto". Por su parte, el diputado radical Mario Negri, planteó que "la recusación es otro claro intento por evitar la declaración de inconstitucionalidad del Memorándum".


El memorándum fue firmado por el Gobierno nacional y el anterior de Irán para buscar una alternativa para el juzgamiento de los acusados por el atentado a la AMIA. La oposición, la AMIA y la DAIA lo cuestionaron y solicitaron su inconstitucionalidad, dictada por la Cámara Federal, cuyo fallo fue apelado. Por este acuerdo, el fallecido fiscal Alberto Nisman denunció a la Presidenta.