Un nuevo sistema de alerta temprana puede predecir las variantes de coronavirus de mayor riesgo simplemente a partir de su código genético, alertando a las autoridades sanitarias y a los desarrolladores de vacunas de los riesgos potenciales meses antes de que se propaguen, según un estudio.
El programa basado en la inteligencia artificial, desarrollado por BioNTech, el grupo biotecnológico alemán que se asoció con Pfizer para el desarrollo de la vacuna contra el Covid-19, y la empresa de Inteligencia Artificial (IA) norteafricana InstaDeep, identificó más del 90% de las variantes de preocupación, incluida la cepa Ómicron, altamente transmisible, un promedio de dos meses antes de su designación por la Organización Mundial de la Salud (OMS).
Los resultados del estudio demuestran que el programa puede evaluar los riesgos de las nuevas variantes a partir de sus proteínas spike en cuestión de minutos, y vigilarlas a medida que evolucionan "casi en tiempo real", según las dos empresas. Ugur Sahin, director ejecutivo de BioNTech, afirmó que la herramienta se pondrá a disposición del público de forma gratuita.
"La detección temprana de posibles variantes de alto riesgo podría ser una herramienta eficaz para alertar a los investigadores, a los creadores de vacunas, a las autoridades sanitarias y a los responsables políticos, lo que daría más tiempo para responder a las nuevas variantes preocupantes", afirmó Sahin.
El sistema marcó a Ómicron el día que su secuencia genómica se cargó por primera vez en la base de datos mundial Gisaid a fines del año pasado, como la variante más preocupante de las más de 70.000 que se descubrieron entre principios de octubre y finales de noviembre, según el estudio, que aún no ha sido revisado por expertos. Eso fue tres días antes de que la OMS la clasificara como Variante de Preocupación.
También pudo señalar la variante Alfa, que se propagó rápidamente en el sur de Inglaterra el pasado invierno, 65 días antes de su designación oficial por la OMS.
"Cada semana se descubren más de 10.000 nuevas secuencias de variantes, y los expertos humanos simplemente no pueden hacer frente a datos complejos a esta escala", dijo Karim Beguir, cofundador y director ejecutivo de InstaDeep, con sede en Reino Unido. "Por primera vez, las variantes de alto riesgo podrían detectarse en el momento, ahorrando potencialmente meses de tiempo precioso".
Es probable que la mayoría de las mutaciones del genoma del Sars-Cov-2 sean inofensivas, pero una pequeña proporción de cambios en su material genético puede dar lugar a variantes más contagiosas, como Alfa, Delta y Ómicron.
La secuenciación genómica, una técnica que permite rastrear las mutaciones en el material genético del virus, se ha convertido en una herramienta clave de la vigilancia en la lucha contra el virus.
Emma Hodcroft, genetista evolutiva de la Universidad de Berna, dijo que el sistema de alerta temprana podría resultar "útil" para rastrear futuras variantes, pero advirtió que "estas predicciones son sólo tan buenas como la información que tenemos para alimentarlas".
"Muchos científicos también alertaron sobre Ómicron el día que se puso a disposición, pero todavía estamos muy limitados por el momento en que podemos tomar muestras de esas variantes", dijo.
Aunque los científicos sudafricanos dieron la voz de alarma sobre Ómicron, más del 80% de los 6,3 millones de genomas subidos a Gisaid proceden de Norteamérica y Europa. "A no ser que ampliemos nuestra vigilancia genómica del Sars-Cov-2 a más países, para obtener datos más fiables, nos veremos frenados en cuanto a la rapidez con la que podemos ver las cosas", añadió Hodcroft.
Utilizando repositorios de secuencias globales como Gisaid, el programa BioNTech-InstaDeep es capaz de escanear cientos de miles de variantes de virus registradas y analizar la "aptitud" de cada variante -su potencial de propagación- y sus propiedades de escape inmunológico, o su capacidad para evadir la inmunidad existente contra el coronavirus.
Estos dos parámetros se combinan para crear un puntaje de riesgo: una puntuación más alta indica un mayor riesgo de que la variante pueda afectar la salud mundial. Ómicron obtuvo una puntuación extremadamente alta en ambas métricas. El sistema también evaluó la variante IHU o B.1.640.2 observada recientemente en Francia, y encontró que tiene propiedades de escape inmunológico relativamente similares a Ómicron pero con una aptitud significativamente menor, lo que la hace menos preocupante.
El aviso previo de una variante de alto riesgo también ayudará a los científicos a adaptar las vacunas. BioNTech dijo que comenzaría los ensayos clínicos de su vacuna Ómicron basada en ARNm a fines de enero. En la conferencia de atención sanitaria de JPMorgan, celebrada esta semana en San Francisco, Sahin afirmó: "Ya hemos iniciado la fabricación a escala comercial de la vacuna Ómicron. Prevemos estar listos para el suministro al mercado en marzo de 2022, a reserva de la aprobación reglamentaria".
